Asal mula pendirian STT GIDI Papua pertama kali diusulkan pada waktu Sidang Raya Sinode GIDI ke-14 tahun 1993 yang diadakan di Wolo, Kabupaten Jayawijaya. Namun, pengusulan tersebut belum berhasil terealisasi pada waktu itu, sehingga rencana pendirian sempat tertunda.
Pengusulan untuk pendirian STT GIDI diangkat kembali pada Sidang Raya Sinode ke-15 tahun 1998 yang bertempat di Mulia, Kabupaten Puncak Jaya. Berdasarkan hasil sidang tersebut, Dewan Penyantun STAKIN (Sekolah Teologi Atas Injili) kemudian membentuk Panitia Perencanaan Pendirian STT GIDI pada tanggal 28 September 1999. Panitia ini secara khusus menugaskan Tim 12 (dua belas) untuk menyusun proposal pendirian STT GIDI.
Satu bulan kemudian, tepatnya pada tanggal 28 Oktober 1999, Tim 12 (dua belas) mengadakan konsultasi awal dengan Kepala Kanwil Departemen Agama Provinsi Irian Jaya. Dalam pertemuan penting itu, izin bagi Gereja GIDI untuk mendirikan STT GIDI disetujui, menandai langkah maju dalam proses legalisasi.
Selanjutnya, pada tanggal 28 November 1999, di hadapan Rapat Badan Pengurus Lengkap (BPL) Sinode GIDI yang diadakan di Kabupaten Nabire, Pendirian STT GIDI tersebut disetujui secara resmi. Persetujuan ini didasarkan pada rekomendasi yang telah diberikan oleh Kepala Kanwil Departemen Agama Provinsi Irian Jaya. Berbekal semua persetujuan ini, pada tanggal 18 Agustus 2000 diputuskan untuk STT GIDI secara resmi dibuka dan memulai kegiatan akademik.
STT GIDI Papua saat ini beroperasi di bawah naungan Gereja Injili Di Indonesia (GIDI) dan telah memenuhi persyaratan legalitas pemerintah. Hal ini dibuktikan dengan rekomendasi awal dari Departemen Agama Kantor Wilayah Provinsi Irian Jaya, dengan nomor: W.83-DEP.KWIL/5842/2000, dan Izin Operasional dari Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama RI Nomor: DJ.III/KEP/HK.00.5/294/2007. Dalam perkembangan selanjutnya, STT GIDI juga mendapat Perpanjangan Izin Penyelenggaraan pendidikan dengan SK Dirjen Bimas Kristen Protestan Kementerian Agama RI dengan nomor: DJ.III/KEP/HK.00.5/773/2011.
Daftar Rektor STT GIDI Papua:
Puji Tuhan, lewat kepemimpinan hamba-hamba-Nya bersama staf dosen STT GIDI Papua telah melakukan berbagai terobosan pelayanan di bidang pendidikan teologi dalam lingkup Gereja Injili di Indonesia (GIDI), sebagai berikut: